Gần đây nhất, hàng loạt lãnh đạo và cán bộ trường này vướng lao lý liên quan đến việc tổ chức tuyển sinh đào tạo bằng đại học hệ chính quy ngành ngôn ngữ Anh khi chưa được Bộ Giáo dục và Đào tạo cấp phép.
Nhiều phòng tuyển sinh nhận hồ sơ sơ tuyển văn bằng 2 tiếng Anh trường Đông Đô khẳng định việc thi đầu vào chỉ là hình thức, đã nộp hồ sơ, đóng tiền sẽ đỗ. Năm 2018, Trường ĐH Đông Đô đã phát bằng tốt nghiệp cho hàng trăm sinh viên văn bằng 2 tiếng Anh. Tương tự, năm 2017 đã có 138 thí sinh trúng tuyển.

Liên quan đến những sai phạm tại ĐH Đông Đô, chiều 28/8, bên lề chuyến công tác về triển khai tình hình năm học mới tại tỉnh Thanh Hóa, Bộ trưởng Bộ GD&ĐT Phùng Xuân Nhạ đã nếu ra vấn đề về trách nhiệm để xảy ra vụ bê bối trên cũng như hướng xử lý các hệ quả tiếp theo.
Người đứng đầu Bộ Giáo dục đưa ra quan điểm, về nguyên tắc “sai đến đâu phải xử đến đấy”. Những sai sót, thậm chí là sai phạm nếu như các đơn vị thuộc Bộ mà vi phạm thì phải xử lý nghiêm. Hiện Bộ đang chỉ đạo các vụ, cục trước hết là rà soát, báo cáo thật nghiêm túc. Sau nữa, thanh tra sẽ có chương trình rà soát, thanh tra tất cả các trường đào tạo văn bằng 2.
Bộ trưởng Nhạ nhấn mạnh: “Tôi cho rằng đây là các dịp tốt để chấn chỉnh các trường. Một thời kỳ các trường ĐH có hoạt động đào tạo, liên kết và có chỗ quá đà, cần phải quản lý, chấn chỉnh. Với trường ĐH Đông Đô công an đang điều tra, mọi vấn đề đều phải làm rất nghiêm túc, minh bạch.”.

Trước đó, trong văn bản gửi báo chí hôm 17/8, Bộ GD&ĐT khẳng định chưa có văn bản cho phép trường ĐH Đông Đô được đào tạo văn bằng 2. Tuy nhiên, từ năm 2015, 2016, 2017 Bộ này đã có thông báo về việc đăng ký chỉ tiêu tuyển sinh cho ĐH Đông Đô, trong đó có xác nhận chỉ tiêu đào tạo văn bằng 2.
Năm 2016, trong thông báo số 68 ngày 24/2/2016, Vụ Kế hoạch Tài chính cũng xác nhận chỉ tiêu tuyển sinh đào tạo văn bằng 2 chính quy năm 2016 tại trường Đông Đô là 150 ở khối ngành III, V và VII do Phó Vụ trưởng Nguyễn Văn Áng ký.
Năm 2017, Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài Chính Trần Tú Khánh ký thông báo số 136 ngày 7/3/2017 xác nhận chỉ tiêu đào tạo văn bằng 2 trường Đông Đô là 150 cho khối ngành II, V, VII.
Với các dấu hiệu cấp phát bằng không đúng quy định tại trường Đông Đô, Bộ GD&ĐT đã phối hợp với Bộ Công an vào cuộc điều tra làm rõ hành vi vi phạm pháp luật của các cá nhân có trách nhiệm tại sở giáo dục và đào tạo.